Het is het jaar 2100 en de mensheid heeft de aarde verlaten. Een kolonie van extravagante zeewezens leeft nog steeds in de diepte van de oceaan. Deep, een avontuurlijke octopus, is de laatste van zijn soort en leeft in de diepte met zijn twee vrienden Evo, een betweterige en onhandige armvinnige, en Alice, een neurotische garnaal. Als hun huis door een ongeluk wordt vernield worden ze op pad gestuurd om een nieuw thuis te vinden. Ze reizen naar verre plaatsen zoals New York, dat nu volledig onder water ligt, de Titanic en de Arctische Oceaan.